Digimon: Digital Monsters

İlk sezonun devamı niteliğindedir.Üç yıl sonra, seçilmiş çocukların çoğu 14 yaşında ve lisededir.Dijital Dünya'nın güvende ve huzurlu olduğu düşünülür.Fakat Digimon İmparatoru adında yeni bir düşman ortaya çıkmıştır.Bu düşmanın öncekilere göre farkı seçilmiş çocuklar gibi bir insan olmasıdır.Digimon İmparatoru siyah halkalar ve kontrol kuleleriyle digimonları köle haline getirir ve bir yolla digimonların normal yolla gelişimini engeller.Bununla birlikte üç yeni seçilmiş çocuğa ve eski seçilmişlerden olan Takeru ve Hikari'ye üstünde çeşitli amblemler bulunan beş digi yumurta atanmıştır.Zırhlı gelişim denen,bu yeni evrimsel oluşum çocukların kötülüğü yok etmesine yardımcı olur.Sonunda çocuklar Digimon İmparatorunu, onun digimonu Wormmon'un fedakarlığıyla yenmeyi başarır.Herşeyin düzene girdiği düşünülürken, aktif kontrol kulelerinden yeni düşman digimonlar ortaya çıkar ve Digimon dünyasında tehlikeye neden olurlar.Geçmişteki yanlışlarını bağışlamaları için Ken çocukların grubuna katılır.Ken ile birlikte çocukların sayısı 6'ya çıkmış olur.Kara kulelerden yüz tanesinin bir araya gelmesiyle oluşan 'kara wargreymon' dijital dünyanın kutsal taşlarını yok etmeye başlar. Çocuklar bunu engelleyebilmek için DNA gelişimini keşfederler ve 2 dijimonun bir araya gelmesiyle ortaya daha güçlü bir dijimon açığa çıkar (örn:Silphymon). Kara Wargreymon 1 tanesi hariç tüm kutsal taşları yok etmeyi başarır. Son kutsal taşı yokedemeden çocuklar Azulongmon'u (Kyoto ejderhası) çağırmayı başarırlar ve Kara Wargreymon durdurulur.Azulongmon yok edilen kutsal taşların yerine yıldız tohumları eker ve dijital dünya normale döner.Daha sonra Dijital Dünya'ya açılan bir sürü kapı gerçek Dünya'da belirir.Kontrol kuleleri de gerçek Dünya'ya taşınır.Dijimonlar bir kez daha gerçek Dünya'yı istila etmeye başlarlar.Bu istilayı durdurabilmeleri için Azulongmon Ken ve Davis'e çok büyük bir güç verir.Aynı zamanda eski seçilmiş dijimonlarada bir kez daha üstün formlarına gelişme hakkı tanır.Tüm bu güçlerle eski ve yeni seçilmiş çocuklar tüm Dünya'yı dolaşırlar ve heryerdeki dijimonları Dijital Dünya'ya geri yollarlar.Herşey bitmiş gibi gözükürken eski bir düşman olan Myotismon kara çiçekler sayesinde tekrar dirilir ve daha güçlü bir form olan MaloMyotismon'a dönüşür.Seçilmiş çocuklar Dijital Dünya'da olmadıkları için dijimonlar her gelişmiş hallerini aynı anda kullanabilirler ve bu sayede MaloMyotismon yok edilir.Sezonun sonunda tüm çocukların gelecekte hangi meslekte olacakları ve ne iş yapacakları bilgisi verilerek dijimonun 2. sezonu sona erer.